Projekt: SUF04
Single-Cell Atlas kornealer Erkrankungsmodelle in der Maus
Eine Hornhautverletzung löst komplexe zelluläre und immunologische Reaktionen aus, die Entzündungsprozesse, Geweberegeneration und pathologische Umbauprozesse steuern. Ein umfassendes Verständnis der zellulären Zusammensetzung und der Immunreaktionen in verschiedenen Hornhauterkrankungsmodellen ist jedoch nach wie vor begrenzt. Ziel dieses Projektes ist es, einen robusten und reproduzierbaren Arbeitsablauf für die Einzelzell-Transkriptom-Analyse der Maushornhaut zu etablieren, der die standardisierte Gewebedissoziation, die Isolierung einzelner Zellen und die Anreicherung vitaler CD45⁺-Immunzellen für die anschließende Einzelzell-RNA-Sequenzierung umfasst.
Unter Verwendung einer Reihe bereits etablierter experimenteller Mausmodelle für Hornhautverletzungen, die künftig um weitere Krankheitsmodelle ergänzt werden sollen, werden wir hochwertige Einzelzell-Datensätze erstellen, die vielfältige pathologische Zustände abbilden. Parallel dazu werden wir eine standardisierte computergestützte Pipeline für die Analyse der Einzelzell-RNA-Sequenzierung entwickeln, die eine konsistente Qualitätskontrolle, Zelltyp-Annotation, Differentialexpressionsanalyse, Trajektorieninferenz sowie Analysen der Zell-Zell-Kommunikation über verschiedene Studien hinweg ermöglicht.
Die resultierenden Datensätze werden in einen umfassenden „Mouse Corneal Disease Atlas“ integriert, der eine einheitliche Referenz für die zelluläre Zusammensetzung, die Immundynamik und krankheitsassoziierte Transkriptionsprogramme bei verschiedenen Hornhauterkrankungen bietet. Diese Ressource wird modellübergreifende Vergleiche erleichtern, die Identifizierung gemeinsamer und krankheitsspezifischer zellulärer Mechanismen ermöglichen und als wertvolle Plattform für die Entdeckung therapeutischer Zielstrukturen sowie für die Förderung der translationalen Forschung in der Hornhautbiologie dienen.
